Vous posez trois questions, voici mes trois réponses:
1) Pour Moda (/Modé) Ani, ce n'est pas nécessaire.
Le Modé Ani ne figure pas dans le Talmud, nos ancêtres n'ont pris l'habitude de le dire qu'assez tardivement, sa source se trouve dans le Seder Ayom.
On trouve aussi dans le Zohar (III, 269a) l'idée de commencer la journée par une louange à D. en remerciement de nous avoir "rendu notre âme", mais le texte même du Modé Ani se trouve seulement dans le Seder Ayom, pas avant.
Je précise au passage qu'il est connu que le Rav Its'hak Hutner disait que "Modé Ani" ne signifie pas "je remercie" mais "je reconnais", sans quoi il aurait fallu dire Modé Ani Le'ha et non Lefanei'ha.
C'est très beau et très juste au niveau grammatical, cependant je suis sceptique; étant donné que ce texte n'a pas été rédigé par les anshei knesset agdola, ni même du tout par 'hazal, considérant l'auteur, je ne sais pas s'il convient de faire de tels diyoukim.
A mon sens, il n'est pas à exclure que l'auteur voulût en fait parler de remerciements.
De toute façon, la tournure ambiguë de la fin du Modé ani (qui impose de marquer un temps d'arrêt avant les deux derniers mots) n'est pas de nature à encourager les diyoukim sur la rédaction et le choix des mots dans cette prière.
Aussi, il se trouve que beaucoup de commentateurs ont compris le sens de Modé comme un remerciement et c'est aussi ce qui ressort de l'indication du Zohar cité plus haut (leméav toushbe'han).
2) Pour ce qui est de netilat Yadaïm, dans le Mishna Broura (§1, sk.2) il est dit "lorsqu'on se lève et qu'on ne veut plus dormir".
Voir aussi le Eshel Avraham (Botshotsh) (§IV) qui permet -sans netila- d'aller au WC en pleine nuit et retourner se coucher ensuite (tant qu'il fait totalement nuit).
Cependant, nous trouvons plusieurs tsadikim qui se montraient rigoureux sur ce point [surtout lorsqu'ils avaient passé le moment de 'hatsot (milieu de la nuit) en dormant]. Cf. Torat Yekoutiel (I, §1) et Piskei Tshouvot (§1, note 40).
Je pense qu'il est difficile d'imposer une telle 'houmra sur une notion miderabanan où même le mishna broura (qui n'est pas des plus permissifs) ne mentionne pas cette 'houmra.
Toutefois, si vous manipulez le contenu du biberon de votre bébé, il faudra faire netila avant, je ne parlais que du cas où le bébé est allaité ou si le biberon est tout prêt.
3) Ce qui est dit au sujet de l'orientation du lit concerne le lit conjugal (cf Tosfot Bra'hot 5b) et donc pas celui du bébé.
Dans le Shoul'han Arou'h (o"h §240, 17) il recommande (même si le terme utilisé est "tsari'h", je ne crois pas que l'on puisse parler d'obligation ala'hique puisque ce thème n'est qu'un conseil dans le Talmud Bra'hot 5b) de placer la tête du lit au nord (et les pieds au sud).
C'est ce que recommande le Talmud Bra'hot (5b).
Les kabbalistes (cf. dans le Maguen Avraham (sk.7) ) disent de placer la tête du lit vers l'est (et les pieds vers l'ouest), ce qui -à première vue- semble contredire la Gmara, même si le Vayeshev Ayam (§1) explique que non.
Toujours est-il que les poskim (voir Shoul'han arou'h arav baala atania o"h §3, 9) indiquent de suivre l'avis du Shoul'han Arou'h et non celui des kabbalistes.
En tout cas, quelle que soit la position de votre lit, vous vous en sortez bien selon un avis :)