Je ne crois pas qu'il faille chercher un sens à l'extinction de la bougie par le vin, ce n'est que le résultat de deux habitudes conjuguées; l'une: de verser du vin et l'autre: de ne pas éteindre une bougie par le souffle.
Voilà pourquoi on a pris l'habitude d'éteindre la bougie de Havdala en versant du vin dessus.
Le fait d'éteindre la bougie avec le vin est mentionné dans le Rama (O"H §296, 1) et vous y verrez que l'idée de verser du vin est indépendante de l'espoir d'éteindre le feu, car on en verse aussi (selon un certain minhag) avant la bénédiction, c'est un "siman brakha".
On remet ça à la fin de la havdala et on en "profite" pour éteindre la bougie car il existe un autre minhag, ou plutôt une croyance, selon laquelle éteindre une bougie en soufflant serait dangereux (-spirituellement parlant, s'entend).
Voir à ce sujet Ben Ish 'Haï (II, Pin'has §18) au nom du Arizal dans Shaar Roua'h hakodesh.
La source est dans la Brayta Maassé Torah (éd. Varsovie 1914, p. 67).
Voir aussi Menorat Hamaor (Enkaoua)(-'Houpat Eliahou Raba p.456) cité aussi dans Shomer Israel (Shekhter, Sighet 1939, p.16) et dans le Shout Salmat 'Haim (Sonnenfeld) (éd. 1982, §499, p.213)
L'idée se retrouve aussi dans le Kol Bo (§118) dans sa version de la Brayta Maassé Torah, mais la citation qu'en fait le Talmud dans Psa'him (111a) semble prouver qu'il ne retient pas cette idée, il n'y aurait pas de problème à souffler sur une bougie pour l'éteindre.
Le Kaf Ha'haim (Y"D §116, 115) semble "tolérer" cette action lorsqu'elle s'inscrit dans le cadre d'une mitsva, ça devrait suffire pour ne pas s'en soucier lors de la havdala. Voir aussi Le'hem Hapanim (du gendre du Maguen Avraham) (Y"D §115, 5).
Mais l'habitude reste tout de même d'y prendre garde et d'éviter dans la mesure du possible d'éteindre une bougie en soufflant dessus.
Néanmoins, il ne faut pas en faire un "ikar", s'il est nécessaire de souffler pour éteindre, pas de souci.
Bref, je pense que l'on verse le vin pour le siman brakha et que l'on en profite pour éteindre la bougie par la même occasion afin d'éviter d'avoir à souffler dessus. Mais on ne cherche pas absolument à l'éteindre "par du vin", on pourrait tout aussi bien le faire avec de l'eau.
