J'ai lu récemment que les manuscrits de la Mer Morte contenaient des Tefillin arrangées selon Rashi *et* Rabbeinou Tam. Peut-être alors pourrait-on dire que cette dispute remonte à une date plus ancienne, mais s'est cristallisée dans la halakhah sous la forme d'une divergence entre Rashi et R. Tam...
(une source parmi d'autres :
http://en.wikipedia.org/wiki/Rabbeinu_Tam)