Oui, on ne doit pas traverser la synagogue uniquement pour arriver de l'autre côté, à la cuisine.
Par contre, si faire le tour n'est pas aisé, on autorise à traverser la synagogue en s'y asseyant un moment ou en y étudiant un peu (ne serait-ce qu'un passouk).
Cependant, il ne convient pas d'user de ce stratagème de manière systématique, ainsi, on ne doit pas construire une cuisine placée de telle sorte qu'il faille traverser la synagogue pour l'atteindre (Tsits Eliezer XII, §16).
D'autant qu'il existe des poskim pour qui dire un passouk ne peut servir que lorsqu'on entre dans la synagogue pour appeler un ami (mais qu'on ressort du même côté), mais lorsqu’il s'agît de la traverser, s'arrêter ou dire un verset n'autorise pas ce passage.
Voir:
Or Saméa'h (hil. Tfila §XI, 10),
Beth Baroukh (sur 'Hayei Adam §XVII, 12),
Taharat Hamayim, Shiyourei Tahara (Beth, §25),
Tsedaka Oumishpat (§XII, note 36),
Halikhot Shlomo (Tfila §XIX, 2),
'Hikekei Lev (Pallagi, I, §3),
Az idberou (VIII, §51).
Toutefois, le Biour Halakha (§151, d"h Laassoto derekh) et le Ben Ish 'Haï (Vayikra §9) n'établissent pas cette distinction.
Ils semblent contredits par plusieurs Rishonim, mais l'un d'eux se positionne comme eux, c'est le Kol Bo (din beth haknesset).
En conclusion:
Maintenant que la cuisine a été installée là où il ne fallait pas, il est autorisé de suivre l'opinion du Biour Halakha et de traverser la synagogue en y étudiant une halakha ou un passouk (ou en s'y arrêtant un moment), s'il est difficile de faire le tour par dehors.