Idéalement, il faudrait en informer le rabbin.
S'il ne réagit pas à cette information, considérez que vous avez fait ce que vous aviez à faire.
Si votre rabbin est "religieux", il doit avoir des raisons d'agir ainsi.
Si votre rabbin est "léger" en matière de respect de la Halakha, si vous pouvez trouver un autre rabbin / une autre synagogue, c’est mieux, sinon, que peut-on y faire?
Dans certain cas, le Me'halel Shabbat n'aura pas vraiment le statut du non-juif et on pourrait donc s'acquitter de sa lecture a posteriori.
Pour cerner un peu mieux les enjeux et les subtilités, voyez ceci:
http://www.techouvot.com/lecture_de_la_torah_par_un_nonchomerchabatt-vt4683.html