C'est étrange, en principe ces marqueurs kashers sont efficaces et pratiques.
Concernant le din, il est préférable d'utiliser de l'encre "ksheira" (avant l'invention de ces marqueurs, on achetait des petits encriers -comme ceux des écoliers- d'encre ksheira où l'on trempait un coton-tige pour ensuite repeindre les retsouot, ça marchait drôlement bien).
De préférence, on essaie d'appliquer la règle de "min amoutar befi'ha", c-à-d de n'utiliser pour les tfilin que des denrées et produits de base qui sont théoriquement ksheirim. Néanmoins ce n'est pas meakev bediavad.
(cf. Shout Maaram Lublin §68)
Cependant, de certains auteurs il semble que la kashrout soit une condition indispensable même pour les lanières (voir Kitsour Shoul'han Arou'h §X, 1)
L'idéal est une encre (qui ne contient rien de non kasher,) d'origine végétale (Rama Y"D §271, 6), qui ait été réalisée Lishma (Tshouvot veanagot III, §17) par une cuisson de type bishoul (MB §32, sk8).
Quand je dis d'origine "végétale" il serait plus précis de parler d'encre qui vienne d'un arbre (de la sève par exemple), je ne sais pas si une plante suffit.
Le Maguen Avraham cité par le Baer étev (§32, 6)souligne qu'il n'a jamais vu un gadol se préoccuper de l'injonction du Rama concernant l'origine végétale.
En fait l'idée est empruntée au Zohar.
Le Mishna Broura (§32, sk.8) ne nécessite pas la réalisation Lishma, il cite cela au nom du Beth Le'hem Yehouda (cf. Shaar Atsiyoun 7) (la référence est douteuse, il y a peut-être une erreur d'impression).
Mais certains a'haronim y trouvent -eux- un avantage.
Toutefois, si on trouve pas d'encre qui correspond à ces critères, on pourra tolérer d'utiliser un marqueur acheté dans le commerce (chez les non juifs).
(Piskei Tshouvot §32, 4) les conditions indispensables étant seulement que l'encre soit noire (Mena'hot 35a) et tenace.
Le Aro[u]'h Ashoul'han (O"H, §32, 6) semble imposer aussi l'origine végétale comme le Rama cité plus haut, mais ce Rama écrivait lui-même que c'est une 'houmra, non obligatoire.