Lorsque les Assyriens conquirent le royaume d’Israël, appelé aussi Samarie du nom de sa capitale, ils en dispersèrent la population à travers le monde. Ces exilés formèrent ce que l’on appelle les « Dix tribus perdues ». Pour les remplacer sur la terre ainsi évacuée de force par ses légitimes propriétaires, les conquérants installèrent à leur place diverses peuplades venues d’autres pays.
Ainsi que le raconte le second livre des Rois (17, 24 et suivants), Hachem s’irrita contre ces usurpateurs de la terre d’Israël, et Il envoya contre eux des lions qui les décimèrent.
Lorsque le roi d’Assyrie apprit ce qui leur advenait, il comprit que cette hécatombe provenait de ce qu’ils n’appartenaient pas au peuple juif et que, s’ils étaient ainsi menacés de disparition, c’était à cause de leur présence illégitime en Terre sainte.
Il leur envoya alors un kohen chargé de leur enseigner le judaïsme, et celui-ci les convainquit de se convertir.
Il s’agissait cependant d’une conversion de pure façade, comme cela fut démontré à l’époque d’Ezra.
Lorsque celui-ci, en effet, entreprit de reconstruire le Temple de Jérusalem avec les Judéens revenus de l’exil de Babylone, les peuples qui occupaient les territoires de l’ancien royaume du Nord, appelés génériquement les Samaritains (Chomronim), vinrent trouver Josué et Zeroubavel, qui dirigeaient cette reconstruction, pour affirmer leur volonté de participer à celle-ci. Se présentant comme des adorateurs du D’eu d’Israël, ils se dirent en droit d’apporter leur collaboration. Cependant, Josué et Zorobabel ont refusé catégoriquement leur aide : « Vous n’avez pas affaire avec nous pour bâtir une maison à notre D’eu, mais nous seuls, nous bâtirons à Hachem, le D’eu d’Israël, comme nous l’a commandé le roi Cyrus, roi de Perse » (Ezra 4, 3).
Ce refus s’explique facilement : les Samaritains pratiquaient un judaïsme imprégné de syncrétisme, car ils avaient conservé, malgré leur conversion, des éléments du culte rendu aux divinités araméennes. Aussi n’était-il pas possible aux responsables de la communauté juive de les accepter comme faisant partie des leurs.
C’est de cette époque que date, très probablement, l’antagonisme qui sépare les Juifs des Samaritains, les premiers ne pouvant accepter de considérer les seconds comme leurs frères à part entière.